Attention, tous les éléments de réponse qui t'ont été donnés ici ne répondent pas directement à ta question Kuon:
les pontets pour relever le guidon apportent éventuellement un plus au niveau du confort de la position de conduite : c'est très personnel mais ça ne joue pas sur le comportement de la moto, ou alors de façon indirecte du fait de la position du pilote.
D'avoir un peu baissé la moto (ce que tu sais) a principalement 2 conséquences sur le comportement, outre le fait que la selle est plus basse de 1 à 2 cm :
1) le réglage de l'amortisseur arrière a été assoupli par une diminution de la précontrainte : c'est donc plus confortable, notamment au passage des petits chocs, sachant que l'amorto arrière de l'AT est souvent décrié pour être un poil dur: y'en a qui aiment, d'autres pas.
2) cela a une influence sur la tenue de route : par ce "détarage" du ressort arrière, la tenue de route en conditions rapides est sans doute un peu moins efficace (puisque l'amorto est plus souple). Donc si tu cherches à améliorer cela, alors oui tu dois la remettre dans sa condition d'origine.
En revanche l'assiette n'a pas été modifiée car avant et arrière ont été baissés de la même hauteur. Ce qui change très légèrement est l'empattement (mais l'angle de chasse est bien entendu toujours le même), et ce dans une proportion infime : affirmer que cela joue sur la tenue de route me semble rapide, on n'est pas en conditions de course à rechercher le puillème de seconde au passage d'une courbe rapide ...
Mais c'est clair, par le fait que la suspatte arrière a été rendue plus souple, cela joue sur la tenue de route (encore une fois, en usage normal tu ne verras pas la différence).
Pour revenir à la position d'origine, il faut:
1) Rabaisser les tubes de fourche au ras du Té supérieur (facile), ce qui remonte la moto d'autant,
2) Resserrer le ressort de l'amorto arrière en jouant sur l'ensemble écrou/contre écrou (pas difficile mais pas très pratique d'accès): possible avec un tournevis plat qui ne craint rien et un bon marteau, en faisant attention de ne pas abimer ce qu'il y a autour, et en calant la moto de façon à ce que la roue arrière soit pendante. Tu peux aussi démonter l'amorto, le mettre dans un étau et faire cela de façon plus "classique", mais c'est un peu plus de boulot.
Je crois que tu as tous les éléments pour décider toi même ...